Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
UBE3DQ7Z6J8 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
UBE3DQ7Z6J8 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
UBE3DQ7Z6J8 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms