Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXD3P31249 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD3P31249 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms