Protein–RNA interactions for Protein: O95476

CTDNEP1, CTD nuclear envelope phosphatase 1, humanhuman

Predictions only

Length 244 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTDNEP1O95476 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
CTDNEP1O95476 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CTDNEP1O95476 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CTDNEP1O95476 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 121.2 ms