Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS29Q9UBQ0 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS29Q9UBQ0 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS29Q9UBQ0 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.7 ms