Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC30.54■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC30.53■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
TRIM28Q13263 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC30.51■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC30.49■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
TRIM28Q13263 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC30.44■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC30.42■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC30.39■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC30.39■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
TRIM28Q13263 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC30.37■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC30.36■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC30.35■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC30.35■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
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