Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.752e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.752e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.722e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ABHD17A-205ENST00000591351 4647 ntTSL 219.55■□□□□ 0.722e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CDHR2-205ENST00000510124 575 ntTSL 519.37■□□□□ 0.692e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.682e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-210ENST00000467491 2131 ntTSL 519.22■□□□□ 0.672e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDE8A-205ENST00000485596 2999 ntTSL 1 (best)19.04■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.632e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.62e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ARRB2-215ENST00000574888 509 ntTSL 418.66■□□□□ 0.582e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ZNF37BP-204ENST00000473592 2929 ntTSL 1 (best)18.37■□□□□ 0.532e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PLEKHH1-215ENST00000561370 1820 ntTSL 218.2■□□□□ 0.52e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ARHGAP45-204ENST00000586033 545 ntTSL 518■□□□□ 0.472e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.462e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ARRB2-206ENST00000570739 553 ntTSL 417.85■□□□□ 0.452e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-209ENST00000461744 2098 ntTSL 517.82■□□□□ 0.442e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.382e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ARRB2-211ENST00000572497 432 ntTSL 417.35■□□□□ 0.372e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 NAPRT-209ENST00000488096 1032 ntTSL 517.21■□□□□ 0.352e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 NAPRT-208ENST00000480946 1199 ntTSL 517.21■□□□□ 0.352e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.334e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 TSC2-205ENST00000432909 374 ntTSL 317■□□□□ 0.312e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 DDX54-208ENST00000551344 872 ntTSL 516.78■□□□□ 0.282e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDLIM7-209ENST00000503346 669 ntTSL 216.5■□□□□ 0.232e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ERCC2-202ENST00000391942 1488 ntTSL 216.31■□□□□ 0.22e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDE8A-201ENST00000310298 3984 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.192e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.192e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDE8A-203ENST00000394553 3912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.192e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 POLD1-211ENST00000600746 999 ntTSL 515.97■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-220ENST00000534733 545 ntTSL 515.97■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 AC092073.1-201ENST00000592740 625 ntAPPRIS P1 TSL 315.8■□□□□ 0.122e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 TCF3-208ENST00000586318 631 ntTSL 315.74■□□□□ 0.112e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 HECTD4-206ENST00000548140 1426 ntTSL 315.6■□□□□ 0.092e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CEMIP-201ENST00000220244 7226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 NAPRT-214ENST00000532645 866 ntTSL 515.54■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PLXNB2-211ENST00000492578 644 ntTSL 415.29■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 NUP153-203ENST00000613258 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ACOT7-206ENST00000418124 1564 ntTSL 1 (best)15.28■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CEMIP-202ENST00000356249 7297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.022e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 GPI-204ENST00000586392 1706 ntTSL 215.06■□□□□ 02e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ACOT7-205ENST00000377860 1472 ntTSL 1 (best)15.03■□□□□ -02e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PACS2-207ENST00000548265 402 ntTSL 214.81□□□□□ -0.042e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 DDX54-201ENST00000306014 4377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.052e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.054e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.054e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CEMIP-203ENST00000394685 7357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ITFG2-210ENST00000540929 1935 ntTSL 214.6□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ARRB2-209ENST00000571791 851 ntTSL 214.55□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ARRB2-205ENST00000570718 564 ntTSL 414.55□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 DDX54-202ENST00000314045 4380 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CCDC14-220ENST00000488653 4156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CCDC14-204ENST00000417438 548 ntTSL 414.51□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ARRB2-217ENST00000575131 550 ntTSL 214.48□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.12e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 FZR1-208ENST00000592214 598 ntTSL 314.42□□□□□ -0.12e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PACS2-204ENST00000546915 576 ntTSL 414.29□□□□□ -0.122e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 SF3A2-203ENST00000587637 501 ntTSL 214.26□□□□□ -0.132e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 SMG7-214ENST00000508461 3985 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.132e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-208ENST00000450232 595 ntTSL 314.16□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-203ENST00000379775 4483 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ITFG2-201ENST00000228799 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.172e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 GYS1-204ENST00000472004 578 ntTSL 313.86□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PLEKHH1-202ENST00000557971 5555 ntTSL 1 (best)13.84□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.222e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ERBB3-205ENST00000546884 660 ntTSL 213.7□□□□□ -0.222e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.222e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ARRB2-213ENST00000573886 665 ntTSL 213.62□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-208ENST00000526311 574 ntTSL 513.6□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-210ENST00000526756 802 ntTSL 213.58□□□□□ -0.242e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CCDC14-209ENST00000435910 864 ntTSL 313.44□□□□□ -0.262e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 WNK2-213ENST00000471076 2344 ntTSL 213.38□□□□□ -0.272e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ERCC2-210ENST00000587376 817 ntTSL 513.35□□□□□ -0.272e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CCDC14-213ENST00000477268 589 ntTSL 412.94□□□□□ -0.342e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.342e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CAMSAP1-208ENST00000487868 411 ntTSL 312.91□□□□□ -0.342e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDPR-206ENST00000564563 2381 ntTSL 212.91□□□□□ -0.342e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ISOC2-206ENST00000589108 706 ntTSL 212.88□□□□□ -0.352e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 SMG7-212ENST00000507469 4642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.372e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDE8A-208ENST00000557957 3716 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.372e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ITFG2-204ENST00000537183 1088 ntTSL 212.73□□□□□ -0.372e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 DDX54-210ENST00000552375 780 ntTSL 512.72□□□□□ -0.372e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-213ENST00000487989 661 ntTSL 212.72□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 NCAPH2-206ENST00000518394 720 ntTSL 512.68□□□□□ -0.382e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 DNM2-218ENST00000591701 863 ntTSL 312.6□□□□□ -0.392e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 TROAP-212ENST00000550346 640 ntAPPRIS ALT2 TSL 312.4□□□□□ -0.422e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 AL109615.2-201ENST00000455005 1608 ntTSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.422e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CHAF1A-202ENST00000585371 884 ntTSL 512.38□□□□□ -0.432e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ZNF276-212ENST00000569901 548 ntTSL 212.38□□□□□ -0.432e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDLIM7-210ENST00000503827 451 ntTSL 512.35□□□□□ -0.432e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 BCKDK-205ENST00000484226 754 ntTSL 312.32□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 TROAP-203ENST00000546735 1213 ntTSL 1 (best)12.31□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ARFGAP3-203ENST00000437119 1650 ntTSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDLIM7-211ENST00000504318 597 ntTSL 312.25□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 DPCD-202ENST00000370151 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.2□□□□□ -0.462e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-211ENST00000528605 1100 ntTSL 512.12□□□□□ -0.472e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CFDP1-201ENST00000283882 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.482e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 NARFL-219ENST00000569759 510 ntTSL 312.04□□□□□ -0.482e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CHRNB1-202ENST00000536404 1623 ntTSL 2 BASIC12.03□□□□□ -0.482e-7■■■■■ 49.4
Retrieved 100 of 27,864 protein–RNA pairs in 549.6 ms