Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC1P18827 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC1P18827 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC1P18827 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SDC1P18827 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SDC1P18827 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC1P18827 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC1P18827 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC1P18827 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDC1P18827 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC1P18827 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC1P18827 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC1P18827 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC1P18827 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC1P18827 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC1P18827 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDC1P18827 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDC1P18827 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDC1P18827 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDC1P18827 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDC1P18827 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC1P18827 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC1P18827 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC1P18827 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC1P18827 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC1P18827 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC1P18827 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC1P18827 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDC1P18827 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC1P18827 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC1P18827 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC1P18827 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC1P18827 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC1P18827 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC1P18827 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDC1P18827 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC1P18827 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC1P18827 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC1P18827 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC1P18827 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC1P18827 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDC1P18827 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC1P18827 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC1P18827 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC1P18827 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC1P18827 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDC1P18827 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SDC1P18827 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SDC1P18827 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SDC1P18827 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SDC1P18827 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SDC1P18827 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC1P18827 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC1P18827 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC1P18827 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC1P18827 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC1P18827 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC1P18827 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC1P18827 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC1P18827 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDC1P18827 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDC1P18827 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC1P18827 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC1P18827 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDC1P18827 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC1P18827 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC1P18827 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC1P18827 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC1P18827 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC1P18827 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC1P18827 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
SDC1P18827 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC1P18827 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.2 ms