Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HMGA1P17096 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HMGA1P17096 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HMGA1P17096 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGA1P17096 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGA1P17096 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGA1P17096 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HMGA1P17096 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms