Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CPSF3Q9UKF6 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
CPSF3Q9UKF6 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 119.9 ms