Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHC9

NPC1L1, Niemann-Pick C1-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,359 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPC1L1Q9UHC9 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
NPC1L1Q9UHC9 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
NPC1L1Q9UHC9 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.2■■■□□ 2.91
NPC1L1Q9UHC9 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
NPC1L1Q9UHC9 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
NPC1L1Q9UHC9 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC33.2■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC33.18■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC33.16■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC33.15■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPC1L1Q9UHC9 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC33.09■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
NPC1L1Q9UHC9 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC33.07■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.03■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
NPC1L1Q9UHC9 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
NPC1L1Q9UHC9 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
NPC1L1Q9UHC9 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
NPC1L1Q9UHC9 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
NPC1L1Q9UHC9 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
NPC1L1Q9UHC9 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC32.99■■■□□ 2.87
NPC1L1Q9UHC9 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
NPC1L1Q9UHC9 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
NPC1L1Q9UHC9 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 142.7 ms