Protein–RNA interactions for Protein: Q9HCM9

TRIM39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, humanhuman

Predictions only

Length 518 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM39Q9HCM9 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM39Q9HCM9 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM39Q9HCM9 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM39Q9HCM9 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms