Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
CHMP4AQ9BY43 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC31.26■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP4AQ9BY43 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC31.19■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC31.18■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP4AQ9BY43 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC31.08■■■□□ 2.57
CHMP4AQ9BY43 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP4AQ9BY43 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 120.3 ms