Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 UQCRH-201ENST00000311672 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.71□□□□□ -0.691e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 MTMR4-207ENST00000582663 572 ntTSL 48.87□□□□□ -0.991e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 UQCRH-202ENST00000460947 621 ntTSL 28.15□□□□□ -1.11e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 PABPC4-223ENST00000529216 317 ntTSL 57.78□□□□□ -1.161e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 PABPC4-221ENST00000525751 556 ntTSL 47.78□□□□□ -1.161e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 TMEM237-208ENST00000466839 839 ntTSL 56.73□□□□□ -1.331e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 ATAD2-208ENST00000550993 438 ntTSL 36.52□□□□□ -1.371e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 UQCRH-205ENST00000496387 674 ntTSL 1 (best)5.37□□□□□ -1.551e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 PABPC4-210ENST00000470443 1212 ntTSL 55.36□□□□□ -1.551e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 PABPC4-211ENST00000474378 591 ntTSL 55.13□□□□□ -1.591e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 TMEM237-207ENST00000466641 720 ntTSL 1 (best)4.25□□□□□ -1.731e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 UQCRH-204ENST00000489056 553 ntTSL 24.19□□□□□ -1.741e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 BIRC6-211ENST00000496555 582 ntTSL 22.63□□□□□ -1.991e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.352e-7■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.312e-7■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 CERCAM-203ENST00000411852 1176 ntTSL 522.37■■□□□ 1.174e-8■■■■■ 50.6
SF3A3Q12874 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.794e-8■■■■■ 50.6
SF3A3Q12874 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.574e-8■■■■■ 50.6
SF3A3Q12874 CERCAM-205ENST00000420512 887 ntTSL 314.33□□□□□ -0.124e-8■■■■■ 50.6
SF3A3Q12874 CERCAM-204ENST00000420034 551 ntTSL 412.66□□□□□ -0.384e-8■■■■■ 50.6
SF3A3Q12874 CERCAM-206ENST00000447915 530 ntTSL 510.94□□□□□ -0.664e-8■■■■■ 50.6
SF3A3Q12874 ITIH2-203ENST00000429820 767 ntTSL 38.04□□□□□ -1.124e-13■■■■■ 50.3
SF3A3Q12874 NAV2-204ENST00000396087 7882 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.334e-7■■■■■ 50.2
SF3A3Q12874 NAV2-201ENST00000349880 10960 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.594e-7■■■■■ 50.2
SF3A3Q12874 NAV2-208ENST00000527559 11171 ntTSL 5 BASIC11.31□□□□□ -0.64e-7■■■■■ 50.2
SF3A3Q12874 NAV2-213ENST00000533917 5084 ntTSL 2 BASIC10.43□□□□□ -0.744e-7■■■■■ 50.2
SF3A3Q12874 NAV2-216ENST00000540292 11003 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC9.34□□□□□ -0.914e-7■■■■■ 50.2
SF3A3Q12874 NAV2-203ENST00000396085 11000 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC9.15□□□□□ -0.944e-7■■■■■ 50.2
SF3A3Q12874 NAV2-202ENST00000360655 10667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.89□□□□□ -1.154e-7■■■■■ 50.2
SF3A3Q12874 ASB1-206ENST00000469885 743 ntTSL 320.28■□□□□ 0.849e-8■■■■■ 50.1
SF3A3Q12874 NFKBIA-206ENST00000556664 381 ntTSL 210.28□□□□□ -0.769e-8■■■■■ 50.1
SF3A3Q12874 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.634e-15■■■■■ 50.1
SF3A3Q12874 QPCTL-203ENST00000591606 561 ntTSL 318.77■□□□□ 0.64e-15■■■■■ 50.1
SF3A3Q12874 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.544e-15■■■■■ 50.1
SF3A3Q12874 QPCTL-204ENST00000592769 365 ntTSL 58.57□□□□□ -1.044e-15■■■■■ 50.1
SF3A3Q12874 TNPO2-204ENST00000585886 2362 ntTSL 1 (best)16.81■□□□□ 0.282e-12■■■■■ 50
SF3A3Q12874 TNPO2-216ENST00000589956 594 ntTSL 515.89■□□□□ 0.132e-12■■■■■ 50
SF3A3Q12874 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.23e-7■■■■■ 49.8
SF3A3Q12874 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.173e-7■■■■■ 49.8
SF3A3Q12874 RGS3-208ENST00000394646 2716 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.043e-7■■■■■ 49.8
SF3A3Q12874 RGS3-204ENST00000350696 4387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.263e-7■■■■■ 49.8
SF3A3Q12874 RGS3-219ENST00000478599 4211 ntTSL 213.37□□□□□ -0.273e-7■■■■■ 49.8
SF3A3Q12874 RGS3-207ENST00000374140 4591 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.33e-7■■■■■ 49.8
SF3A3Q12874 RGS3-203ENST00000343817 3689 ntTSL 1 (best) BASIC12.63□□□□□ -0.393e-7■■■■■ 49.8
SF3A3Q12874 DENND4B-213ENST00000531748 544 ntTSL 416.5■□□□□ 0.232e-6■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 DENND4B-203ENST00000462423 783 ntTSL 416.18■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 DENND4B-208ENST00000480340 2530 ntTSL 215.02■□□□□ -02e-6■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 DENND4B-206ENST00000474386 455 ntTSL 310.54□□□□□ -0.722e-6■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.33e-13■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.23e-13■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.173e-13■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.73e-13■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.533e-13■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 TSPAN4-219ENST00000530404 818 ntTSL 517.57■□□□□ 0.43e-13■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.333e-13■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 TSPAN4-215ENST00000525334 860 ntTSL 316.47■□□□□ 0.233e-13■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.213e-13■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.023e-13■■■■■ 49.7
SF3A3Q12874 ACAP3-204ENST00000379037 492 ntTSL 315.15■□□□□ 0.021e-7■■■■■ 49.6
SF3A3Q12874 LPIN3-203ENST00000491528 652 ntTSL 28.3□□□□□ -1.081e-9■■■■■ 49.6
SF3A3Q12874 TAZ-209ENST00000483674 267 ntTSL 1 (best)10.71□□□□□ -0.695e-12■■■■■ 49.5
SF3A3Q12874 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.671e-8■■■■■ 49.5
SF3A3Q12874 NOP53-207ENST00000598681 1358 ntTSL 520.51■□□□□ 0.871e-8■■■■■ 49.5
SF3A3Q12874 NOP53-212ENST00000600410 4185 ntTSL 218.75■□□□□ 0.591e-8■■■■■ 49.5
SF3A3Q12874 NOP53-204ENST00000595143 810 ntTSL 517.48■□□□□ 0.391e-8■■■■■ 49.5
SF3A3Q12874 NOP53-205ENST00000597985 656 ntTSL 313.16□□□□□ -0.31e-8■■■■■ 49.5
SF3A3Q12874 NOP53-202ENST00000594182 303 ntTSL 312.19□□□□□ -0.461e-8■■■■■ 49.5
SF3A3Q12874 NOP53-208ENST00000598959 501 ntTSL 58.47□□□□□ -1.051e-8■■■■■ 49.5
SF3A3Q12874 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.851e-8■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.672e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 GSK3A-203ENST00000453535 1897 ntTSL 528.76■■■□□ 2.22e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.12e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.742e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.732e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 FKBP11-211ENST00000551807 508 ntTSL 324.74■■□□□ 1.552e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.452e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.282e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.212e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 TCF3-210ENST00000587235 986 ntTSL 522.1■■□□□ 1.132e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.12e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.062e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ABHD17A-203ENST00000588598 5425 ntTSL 221.61■■□□□ 1.052e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.042e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.022e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.012e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.972e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.912e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.92e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-212ENST00000477914 2063 ntTSL 520.62■□□□□ 0.892e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-214ENST00000531217 1745 ntTSL 520.61■□□□□ 0.892e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.872e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-214ENST00000490474 2086 ntTSL 520.36■□□□□ 0.852e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.832e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.832e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDE8A-211ENST00000559742 2584 ntTSL 1 (best)20.09■□□□□ 0.812e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.82e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 NAPRT-212ENST00000525583 1066 ntTSL 519.98■□□□□ 0.792e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 TROAP-216ENST00000551567 577 ntAPPRIS ALT2 TSL 319.93■□□□□ 0.782e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 PDE8A-204ENST00000478717 2722 ntTSL 1 (best)19.87■□□□□ 0.772e-7■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 VPS51-204ENST00000527646 2144 ntTSL 1 (best)19.8■□□□□ 0.762e-7■■■■■ 49.4
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