Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
DDX28Q9NUL7 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DDX28Q9NUL7 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms