Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC3Q9BQI4 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC3Q9BQI4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.5 ms