Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 AP1M1-214ENST00000591966 542 ntTSL 411.21□□□□□ -0.612e-6■■■■■ 52.7
SF3A3Q12874 FADS1-208ENST00000473263 574 ntTSL 418.52■□□□□ 0.562e-8■■■■■ 52.6
SF3A3Q12874 FADS1-205ENST00000448607 559 ntTSL 411.88□□□□□ -0.512e-8■■■■■ 52.6
SF3A3Q12874 FADS1-212ENST00000539419 563 ntTSL 48.94□□□□□ -0.982e-8■■■■■ 52.6
SF3A3Q12874 VWCE-207ENST00000538579 581 ntTSL 216.46■□□□□ 0.233e-9■■■■■ 52.5
SF3A3Q12874 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.448e-7■■■■■ 52.4
SF3A3Q12874 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.572e-8■■■■■ 52.3
SF3A3Q12874 SCAP-207ENST00000441517 3748 ntTSL 216.97■□□□□ 0.312e-8■■■■■ 52.3
SF3A3Q12874 SCAP-206ENST00000428413 3749 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.312e-8■■■■■ 52.3
SF3A3Q12874 SCAP-202ENST00000320017 3430 ntTSL 216.84■□□□□ 0.292e-8■■■■■ 52.3
SF3A3Q12874 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.282e-8■■■■■ 52.3
SF3A3Q12874 USF2-215ENST00000602164 582 ntTSL 324.22■■□□□ 1.472e-11■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.152e-11■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.072e-11■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 USF2-216ENST00000607959 1920 ntTSL 521.57■■□□□ 1.042e-11■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.332e-11■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.272e-11■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 USF2-211ENST00000599471 1173 ntTSL 316.36■□□□□ 0.212e-11■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.22e-11■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 USF2-208ENST00000596380 550 ntTSL 315.18■□□□□ 0.022e-11■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 INPPL1-215ENST00000544806 547 ntTSL 412.95□□□□□ -0.342e-6■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 EIF4G1-214ENST00000427141 730 ntTSL 511.4□□□□□ -0.582e-6■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 INPPL1-205ENST00000537755 535 ntTSL 410.9□□□□□ -0.662e-6■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 EIF4G1-228ENST00000456033 694 ntTSL 510.33□□□□□ -0.762e-6■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 EIF4G1-223ENST00000444134 558 ntTSL 510.29□□□□□ -0.762e-6■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 EIF4G1-220ENST00000440448 578 ntTSL 49.97□□□□□ -0.812e-6■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 EIF4G1-236ENST00000484862 590 ntTSL 29.17□□□□□ -0.942e-6■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 AC068768.1-202ENST00000541002 1110 ntTSL 5 BASIC8.14□□□□□ -1.112e-6■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 AC068768.1-204ENST00000544890 796 ntTSL 4 BASIC5.95□□□□□ -1.462e-6■■■■■ 52.2
SF3A3Q12874 ANKRD17-210ENST00000561029 2717 ntTSL 523.78■■□□□ 1.45e-30■■■■■ 52.1
SF3A3Q12874 ANKRD17-209ENST00000560507 563 ntTSL 34.76□□□□□ -1.655e-30■■■■■ 52.1
SF3A3Q12874 GSE1-204ENST00000411612 872 ntTSL 519.13■□□□□ 0.656e-14■■■■■ 52
SF3A3Q12874 GSE1-215ENST00000635906 666 ntTSL 312□□□□□ -0.496e-14■■■■■ 52
SF3A3Q12874 NDOR1-205ENST00000612145 564 ntTSL 420.77■□□□□ 0.922e-6■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.291e-7■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.191e-14■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 DNAJB1-208ENST00000598235 882 ntTSL 515.44■□□□□ 0.061e-14■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 SF3A2-206ENST00000592314 885 ntTSL 512.98□□□□□ -0.331e-7■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 SF3A2-202ENST00000586396 543 ntAPPRIS ALT2 TSL 312.78□□□□□ -0.361e-7■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 OGDHL-202ENST00000419399 3588 ntTSL 2 BASIC12.38□□□□□ -0.435e-7■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 OGDHL-203ENST00000432695 3383 ntTSL 2 BASIC11.29□□□□□ -0.65e-7■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 OGDHL-201ENST00000374103 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.625e-7■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 ELAC2-211ENST00000492559 615 ntTSL 410.45□□□□□ -0.741e-14■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 DNAJB1-202ENST00000396969 1287 ntTSL 2 BASIC7.72□□□□□ -1.171e-14■■■■■ 51.9
SF3A3Q12874 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.18e-8■■■■■ 51.8
SF3A3Q12874 TTYH3-204ENST00000407643 4537 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.058e-8■■■■■ 51.8
SF3A3Q12874 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.381e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-213ENST00000527898 2921 ntTSL 216.86■□□□□ 0.291e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-222ENST00000534140 3128 ntTSL 216.75■□□□□ 0.271e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-218ENST00000530994 5945 ntTSL 216.4■□□□□ 0.221e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-220ENST00000532517 5242 ntTSL 1 (best)16.4■□□□□ 0.221e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-214ENST00000528594 5787 ntTSL 216.34■□□□□ 0.211e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-223ENST00000600882 5479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.191e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-212ENST00000527500 483 ntTSL 215.94■□□□□ 0.141e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-225ENST00000614369 3442 ntTSL 1 (best)15.87■□□□□ 0.131e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-201ENST00000356063 5240 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.081e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-209ENST00000526699 535 ntTSL 314.48□□□□□ -0.091e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-224ENST00000612681 3337 ntTSL 514.06□□□□□ -0.161e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 PHLDB1-215ENST00000528875 548 ntTSL 413.96□□□□□ -0.171e-12■■■■■ 51.7
SF3A3Q12874 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.045e-10■■■■■ 51.6
SF3A3Q12874 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.845e-10■■■■■ 51.6
SF3A3Q12874 LAMB2-207ENST00000477225 535 ntTSL 211.2□□□□□ -0.622e-15■■■■■ 51.6
SF3A3Q12874 MBNL2-206ENST00000469707 2574 ntTSL 1 (best)8.6□□□□□ -1.031e-9■■■■■ 51.3
SF3A3Q12874 MBNL2-202ENST00000345429 4669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.92□□□□□ -1.31e-9■■■■■ 51.3
SF3A3Q12874 MBNL2-203ENST00000376673 4632 ntTSL 1 (best) BASIC6.43□□□□□ -1.381e-9■■■■■ 51.3
SF3A3Q12874 MBNL2-201ENST00000343600 4596 ntTSL 1 (best) BASIC6.41□□□□□ -1.381e-9■■■■■ 51.3
SF3A3Q12874 MBNL2-204ENST00000397601 4487 ntTSL 5 BASIC6.11□□□□□ -1.431e-9■■■■■ 51.3
SF3A3Q12874 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC15.45■□□□□ 0.061e-323■■■■■ 51.3
SF3A3Q12874 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC15.43■□□□□ 0.061e-323■■■■■ 51.3
SF3A3Q12874 CHTF18-212ENST00000493715 691 ntTSL 312.14□□□□□ -0.472e-6■■■■■ 51.3
SF3A3Q12874 FLII-209ENST00000487693 669 ntTSL 517.75■□□□□ 0.431e-7■■■■■ 51.2
SF3A3Q12874 FLII-212ENST00000493401 458 ntTSL 516.44■□□□□ 0.221e-7■■■■■ 51.2
SF3A3Q12874 FLII-216ENST00000577398 926 ntTSL 215.86■□□□□ 0.131e-7■■■■■ 51.2
SF3A3Q12874 FLII-227ENST00000581858 644 ntTSL 515.86■□□□□ 0.131e-7■■■■■ 51.2
SF3A3Q12874 FBXO17-207ENST00000601394 2366 ntTSL 515.26■□□□□ 0.031e-7■■■■■ 51.2
SF3A3Q12874 FLII-204ENST00000465046 699 ntTSL 214.89□□□□□ -0.031e-7■■■■■ 51.2
SF3A3Q12874 FLII-213ENST00000493600 656 ntTSL 212.12□□□□□ -0.471e-7■■■■■ 51.2
SF3A3Q12874 FLII-206ENST00000474265 596 ntTSL 211.51□□□□□ -0.571e-7■■■■■ 51.2
SF3A3Q12874 FLII-208ENST00000487369 522 ntTSL 310.7□□□□□ -0.71e-7■■■■■ 51.2
SF3A3Q12874 ACTN1-214ENST00000555075 828 ntTSL 311.17□□□□□ -0.622e-8■■■■■ 51.1
SF3A3Q12874 ERAL1-201ENST00000254928 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.099e-8■■■■■ 51.1
SF3A3Q12874 ERAL1-202ENST00000412138 1039 ntTSL 513.05□□□□□ -0.329e-8■■■■■ 51.1
SF3A3Q12874 ERAL1-203ENST00000461894 1628 ntTSL 1 (best)13.02□□□□□ -0.339e-8■■■■■ 51.1
SF3A3Q12874 ERAL1-207ENST00000580917 850 ntTSL 312.83□□□□□ -0.369e-8■■■■■ 51.1
SF3A3Q12874 ERAL1-206ENST00000578001 579 ntTSL 311.77□□□□□ -0.539e-8■■■■■ 51.1
SF3A3Q12874 ERAL1-204ENST00000471992 1508 ntTSL 59.14□□□□□ -0.959e-8■■■■■ 51.1
SF3A3Q12874 ERAL1-205ENST00000577942 698 ntTSL 24.74□□□□□ -1.659e-8■■■■■ 51.1
SF3A3Q12874 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.479e-61■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 CTIF-205ENST00000587860 2940 ntTSL 216.29■□□□□ 0.29e-61■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 CTIF-202ENST00000382998 4407 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 09e-61■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 TMEM237-204ENST00000432684 1071 ntTSL 521.58■■□□□ 1.051e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.31e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 TMEM237-201ENST00000286196 1805 ntTSL 516.27■□□□□ 0.21e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 HNRNPDL-205ENST00000514511 1143 ntTSL 214.89□□□□□ -0.031e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.031e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 GOLGA3-206ENST00000541013 498 ntTSL 314.36□□□□□ -0.111e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 SCAP-209ENST00000465628 589 ntTSL 213.81□□□□□ -0.21e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 MTMR4-205ENST00000580983 631 ntTSL 312.97□□□□□ -0.331e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 TMEM237-203ENST00000409883 5415 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.13□□□□□ -0.471e-8■■■■■ 50.8
SF3A3Q12874 TMEM237-205ENST00000444047 779 ntTSL 511.64□□□□□ -0.551e-8■■■■■ 50.8
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