Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
LIG1P18858 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
LIG1P18858 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
LIG1P18858 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIG1P18858 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIG1P18858 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIG1P18858 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIG1P18858 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIG1P18858 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG1P18858 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG1P18858 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG1P18858 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG1P18858 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG1P18858 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG1P18858 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG1P18858 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG1P18858 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG1P18858 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG1P18858 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG1P18858 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG1P18858 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG1P18858 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG1P18858 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG1P18858 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG1P18858 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG1P18858 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIG1P18858 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
LIG1P18858 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIG1P18858 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIG1P18858 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG1P18858 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG1P18858 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG1P18858 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG1P18858 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG1P18858 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG1P18858 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG1P18858 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG1P18858 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG1P18858 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG1P18858 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG1P18858 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG1P18858 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG1P18858 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG1P18858 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG1P18858 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIG1P18858 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIG1P18858 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
LIG1P18858 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG1P18858 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG1P18858 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG1P18858 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG1P18858 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG1P18858 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG1P18858 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIG1P18858 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIG1P18858 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIG1P18858 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIG1P18858 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIG1P18858 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIG1P18858 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIG1P18858 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIG1P18858 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG1P18858 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG1P18858 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG1P18858 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG1P18858 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG1P18858 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG1P18858 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG1P18858 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG1P18858 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG1P18858 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG1P18858 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG1P18858 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG1P18858 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG1P18858 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG1P18858 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG1P18858 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.08
LIG1P18858 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIG1P18858 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIG1P18858 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
LIG1P18858 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIG1P18858 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIG1P18858 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28■■■□□ 2.07
LIG1P18858 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
LIG1P18858 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIG1P18858 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIG1P18858 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIG1P18858 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIG1P18858 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIG1P18858 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIG1P18858 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIG1P18858 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIG1P18858 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIG1P18858 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIG1P18858 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIG1P18858 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIG1P18858 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIG1P18858 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIG1P18858 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIG1P18858 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms