Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.94■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC26.9■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
NKX2-4Q9H2Z4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NKX2-4Q9H2Z4 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NKX2-4Q9H2Z4 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
NKX2-4Q9H2Z4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NKX2-4Q9H2Z4 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms