Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC3Q9BQI4 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC3Q9BQI4 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms