Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PTPN4P29074 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN4P29074 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
PTPN4P29074 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PTPN4P29074 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms