Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 GPS1-224ENST00000584460 1855 ntTSL 214.93□□□□□ -0.023e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.043e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 GPS1-210ENST00000580141 924 ntTSL 514.39□□□□□ -0.113e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.123e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 GPS1-219ENST00000583641 795 ntTSL 214□□□□□ -0.173e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 GPS1-211ENST00000580627 543 ntTSL 413.6□□□□□ -0.233e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 GPS1-203ENST00000392357 4076 ntTSL 1 (best)12.72□□□□□ -0.373e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 GPS1-215ENST00000581578 470 ntTSL 411.99□□□□□ -0.493e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 TNS3-207ENST00000450444 1832 ntTSL 511.82□□□□□ -0.523e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 GPS1-217ENST00000583009 574 ntTSL 411.52□□□□□ -0.573e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 GPS1-220ENST00000583885 594 ntTSL 411.14□□□□□ -0.633e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 FNDC3B-202ENST00000415807 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.663e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 TNS3-206ENST00000442536 1166 ntTSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.853e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 TNS3-209ENST00000458317 1156 ntTSL 5 BASIC5.98□□□□□ -1.453e-8■■■■□ 22.5
CDC40O60508 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.092e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.152e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.182e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.252e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ANKMY1-204ENST00000391987 3221 ntTSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.282e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ANKMY1-206ENST00000401804 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.64□□□□□ -0.392e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ANKMY1-201ENST00000272972 3228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.542e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.171e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ERMARD-201ENST00000366771 2206 ntTSL 212.17□□□□□ -0.461e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ERMARD-204ENST00000392095 1908 ntTSL 2 BASIC10.33□□□□□ -0.761e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ERMARD-203ENST00000366773 2141 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.71□□□□□ -1.011e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ERMARD-205ENST00000418781 1841 ntTSL 1 (best) BASIC7.79□□□□□ -1.161e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 ERMARD-202ENST00000366772 2003 ntTSL 5 BASIC5.96□□□□□ -1.461e-6■■■■□ 22.4
CDC40O60508 CTDSP1-207ENST00000473420 922 ntTSL 317.25■□□□□ 0.355e-7■■■■□ 22.3
CDC40O60508 CTDSP1-215ENST00000498160 877 ntTSL 515.97■□□□□ 0.155e-7■■■■□ 22.3
CDC40O60508 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.015e-7■■■■□ 22.3
CDC40O60508 CTDSP1-214ENST00000497677 998 ntTSL 214.63□□□□□ -0.075e-7■■■■□ 22.3
CDC40O60508 CTDSP1-205ENST00000452977 818 ntTSL 514.37□□□□□ -0.115e-7■■■■□ 22.3
CDC40O60508 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.165e-7■■■■□ 22.3
CDC40O60508 CTDSP1-210ENST00000491064 786 ntTSL 312.79□□□□□ -0.365e-7■■■■□ 22.3
CDC40O60508 CTDSP1-212ENST00000494067 362 ntTSL 312.46□□□□□ -0.415e-7■■■■□ 22.3
CDC40O60508 TNS1-204ENST00000413554 1478 ntTSL 512.89□□□□□ -0.355e-7■■■■□ 22.2
CDC40O60508 TNS1-210ENST00000446903 2464 ntTSL 1 (best)12.54□□□□□ -0.45e-7■■■■□ 22.2
CDC40O60508 TNS1-214ENST00000479185 2513 ntTSL 511.47□□□□□ -0.575e-7■■■■□ 22.2
CDC40O60508 HNF1A-206ENST00000538646 1649 ntTSL 1 (best)20.02■□□□□ 0.792e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-209ENST00000541924 1594 ntTSL 1 (best)18■□□□□ 0.472e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.232e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-205ENST00000538626 582 ntTSL 1 (best)15.64■□□□□ 0.092e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-213ENST00000544574 725 ntTSL 1 (best)15.64■□□□□ 0.092e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.022e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.022e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.042e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-203ENST00000402929 3002 ntTSL 214.49□□□□□ -0.092e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-214ENST00000560968 3030 ntTSL 1 (best)14.11□□□□□ -0.152e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.162e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-207ENST00000540108 3039 ntTSL 1 (best)13.35□□□□□ -0.272e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-201ENST00000257555 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.53□□□□□ -0.42e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-208ENST00000541395 3332 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.482e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 HNF1A-204ENST00000535955 434 ntTSL 1 (best)10.57□□□□□ -0.722e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 SMAD2-208ENST00000587269 1042 ntTSL 327.45■■□□□ 1.985e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 BRD4-208ENST00000597315 892 ntTSL 524.86■■□□□ 1.575e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.535e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 DENR-204ENST00000539463 671 ntTSL 223.8■■□□□ 1.45e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.335e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ISYNA1-204ENST00000577916 2148 ntTSL 522.14■■□□□ 1.135e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.975e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ISYNA1-211ENST00000582811 2039 ntTSL 219.51■□□□□ 0.715e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ISYNA1-213ENST00000583534 629 ntTSL 1 (best)19.01■□□□□ 0.635e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.615e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.555e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.555e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.545e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.535e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 COL27A1-205ENST00000485397 463 ntTSL 517.92■□□□□ 0.465e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ISYNA1-205ENST00000578352 592 ntTSL 217.5■□□□□ 0.395e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UGDH-211ENST00000515021 861 ntTSL 517.17■□□□□ 0.345e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 KLC4-217ENST00000481499 1465 ntTSL 416.93■□□□□ 0.35e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.295e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.155e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ISYNA1-210ENST00000582770 1654 ntTSL 215.71■□□□□ 0.115e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 TRIO-221ENST00000513206 7995 ntTSL 515.66■□□□□ 0.15e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 SMAD2-211ENST00000589877 527 ntTSL 315.57■□□□□ 0.085e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 RBMS1-214ENST00000491781 1533 ntTSL 1 (best)15.43■□□□□ 0.065e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.055e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 05e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UGDH-207ENST00000509391 577 ntTSL 315.07■□□□□ 05e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UGDH-203ENST00000503779 575 ntTSL 415.07■□□□□ 05e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 SMAD2-207ENST00000586514 828 ntTSL 514.83□□□□□ -0.045e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.045e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ISYNA1-208ENST00000581800 627 ntTSL 414.74□□□□□ -0.055e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UGDH-212ENST00000515398 584 ntTSL 514.69□□□□□ -0.065e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UGDH-210ENST00000514106 568 ntTSL 414.69□□□□□ -0.065e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ATP11A-215ENST00000495930 564 ntTSL 414.56□□□□□ -0.085e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.085e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 KLC4-212ENST00000470728 872 ntTSL 514.49□□□□□ -0.095e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 TRIO-218ENST00000512070 8907 ntTSL 214.47□□□□□ -0.095e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 SMAD2-202ENST00000356825 10445 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.115e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 TRIO-222ENST00000515144 7455 ntTSL 1 (best)14.15□□□□□ -0.145e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.175e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.175e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.215e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 TRIO-202ENST00000344204 11100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.225e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 UXS1-210ENST00000473338 1547 ntTSL 1 (best)13.47□□□□□ -0.255e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 SMAD2-212ENST00000591214 1714 ntTSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.295e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 BRD4-205ENST00000594841 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)13.02□□□□□ -0.325e-6■■■■□ 21.9
CDC40O60508 ISYNA1-203ENST00000577820 1466 ntTSL 512.97□□□□□ -0.335e-6■■■■□ 21.9
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