Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms