Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CCDC87Q9NVE4 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
CCDC87Q9NVE4 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
CCDC87Q9NVE4 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC32.15■■■□□ 2.74
CCDC87Q9NVE4 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
CCDC87Q9NVE4 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CCDC87Q9NVE4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CCDC87Q9NVE4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CCDC87Q9NVE4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.13■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC87Q9NVE4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC32.02■■■□□ 2.72
CCDC87Q9NVE4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC31.99■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC31.99■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.99■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.97■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC31.97■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC31.96■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC31.96■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC31.96■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC31.96■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
CCDC87Q9NVE4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.94■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC31.94■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC31.9■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC31.9■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.89■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC31.89■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC31.89■■■□□ 2.7
CCDC87Q9NVE4 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC31.88■■■□□ 2.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms