Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
UBE3DQ7Z6J8 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
UBE3DQ7Z6J8 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms