Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC39Q9UFE4 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
CCDC39Q9UFE4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC39Q9UFE4 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.8 ms