Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC43Q96MW1 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC43Q96MW1 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC43Q96MW1 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC43Q96MW1 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC43Q96MW1 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC43Q96MW1 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC43Q96MW1 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC43Q96MW1 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC43Q96MW1 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC43Q96MW1 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC43Q96MW1 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC43Q96MW1 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC43Q96MW1 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28■■■□□ 2.07
CCDC43Q96MW1 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC43Q96MW1 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC43Q96MW1 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC43Q96MW1 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC43Q96MW1 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC43Q96MW1 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC43Q96MW1 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 89.2 ms