Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC54Q8NEL0 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCDC54Q8NEL0 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC54Q8NEL0 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms