Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC34.3■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC34.29■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC34.28■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC34.28■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC34.26■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC34.26■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.08
USP54Q70EL1 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC34.25■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC34.24■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.23■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC34.22■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC34.22■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
USP54Q70EL1 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC34.19■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC34.19■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC34.18■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC34.17■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC34.15■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
USP54Q70EL1 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC34.12■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC34.12■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC34.11■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC34.1■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC34.08■■■■□ 3.05
USP54Q70EL1 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC34.07■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC34.05■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC34.05■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC34.04■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC34.03■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC34.03■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.02■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC34.02■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
USP54Q70EL1 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.4 ms