RNA–Protein interactions for RNA: YDR261C-D

YDR261C-D, Transcript of Retrotransposon TYA Gag and TYB Pol genes, yeast

Gene YDR261C-D, Length 4,815 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
YDR261C-D	YDR261C-D	SSF1	P38789	453 aa	Predicted RBP	4.99	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	VPS33	P20795	691 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	APN1	P22936	367 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	IME2	P32581	645 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	DMA1	P38823	416 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	VPS41	P38959	992 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	PMT1	P33775	817 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	OCA5	P38738	679 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	OTU2	P38747	307 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	LOC1	P43586	204 aa	Predicted RBP	4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	HOS3	Q02959	697 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	SPP1	Q03012	353 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	FUS2	Q05670	677 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	YMR085W	P0CF18	432 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	SWC4	P53201	476 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	PXR1	P53335	271 aa	Predicted RBP	4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	HSP42	Q12329	375 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	VPS5	Q92331	675 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	STI1	P15705	589 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.98	□□□□□ -1.61	not detected
YDR261C-D	YDR261C-D	CNS1	P33313	385 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	TFC4	P33339	1025 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	KAP114	P53067	1004 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	BNI4	P53858	892 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	UFD2	P54860	961 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	SPO77	Q06134	477 aa		4.98	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	PDR1	P12383	1068 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	MRP4	P32902	394 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	RPC34	P32910	317 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	TFC3	P34111	1160 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	COY1	P34237	679 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	PBY1	P38254	753 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	RRP8	P38961	392 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	YLR287C	Q05881	355 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	SPC42	P36094	363 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	RTT106	P40161	455 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	YML6	P51998	286 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	YNL144C	P53907	740 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	MRD1	Q06106	887 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	SCM3	Q12334	223 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	SEC6	P32844	805 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	NUP120	P35729	1037 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	ALD5	P40047	520 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	ASE1	P50275	885 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	ENT2	Q05785	613 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	HDA3	Q06623	655 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	ZEO1	Q08245	113 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	SMC4	Q12267	1418 aa		4.97	□□□□□ -1.61
YDR261C-D	YDR261C-D	SUP45	P12385	437 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	VIK1	Q12045	647 aa		4.96	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	VPS3	P23643	1011 aa		4.96	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	ANP1	P32629	500 aa		4.96	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	GRS1	P38088	690 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	RTT107	P38850	1070 aa		4.96	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	YPR204W	Q08995	1032 aa		4.96	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	RTT105	P40063	208 aa		4.96	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	BBC1	P47068	1157 aa		4.96	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	YDR341C	Q05506	607 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	DAL1	P32375	460 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	YAP3	P38749	330 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	SHC1	P39000	512 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	SLM1	P40485	686 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	SEC10	Q06245	871 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	SBP1	P10080	294 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	MRPS28	P21771	286 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	MRE11	P32829	692 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	YHR131C	P38835	850 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	CDC45	Q08032	650 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	NOP4	P37838	685 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	INA22	P40576	216 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	DAS1	P47005	663 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	IPI3	P53877	555 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	CRN1	Q06440	651 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	MLH2	Q07980	695 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	RPN5	Q12250	445 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	CEX1	Q12453	761 aa		4.95	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	PRP4	P20053	465 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	RPC82	P32349	654 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	YPL191C	Q08930	360 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	YOL098C	Q12496	1037 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	KAR2	P16474	682 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	DAL80	P26343	269 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	UBP15	P50101	1230 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	SAP4	P53036	818 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	GCD1	P09032	578 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	DBP3	P20447	523 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	TUB4	P53378	473 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	CWC25	P53854	179 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	TIM50	Q02776	476 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	YPD1	Q07688	167 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	RIX7	Q07844	837 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	SMC5	Q08204	1093 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	ABP140	Q08641	628 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	RRP36	Q12481	300 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	SPR3	P41901	512 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	RTS3	P53289	263 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	RBA50	Q04418	439 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	YBL111C	Q3E7Y5	667 aa		4.94	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	YAP1	P19880	650 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	MAK11	P20484	414 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
YDR261C-D	YDR261C-D	REB1	P21538	810 aa		4.93	□□□□□ -1.62

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