RNA–Protein interactions for RNA: YDR457W

TOM1, Transcript of E3 ubiquitin ligase of the hect-domain class, yeast

Gene TOM1, Length 9,807 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
TOM1	YDR457W	YJL049W	P47048	450 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	YDL144C	Q07589	356 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	SPT7	P35177	1332 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	KAR3	P17119	729 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	YPP1	P46951	817 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	TCB2	P48231	1178 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	ENV11	P53246	860 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	EIS1	Q05050	843 aa	Known RBP	3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	ENT2	Q05785	613 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	RPN7	Q06103	429 aa	Known RBP	3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	VPS27	P40343	622 aa	Known RBP	3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	RUP1	Q12242	671 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	YTA7	P40340	1379 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	DAL5	P15365	543 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	SSA4	P22202	642 aa	Known RBP	3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	DPB3	P27344	201 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	HCA4	P20448	770 aa	Known RBP	3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	SPC110	P32380	944 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	SGD1	Q06132	899 aa		3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	ZUO1	P32527	433 aa	Known RBP	3.16	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	LTV1	P34078	463 aa		3.15	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	SGS1	P35187	1447 aa		3.15	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	UTP14	Q04500	899 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	NOT5	Q12514	560 aa	Predicted RBP	3.15	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	ABP1	P15891	592 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	RPS0A	P32905	252 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	YBR287W	P38355	427 aa		3.15	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	BRL1	P38770	471 aa		3.15	□□□□□ -1.9
TOM1	YDR457W	RRP17	Q04031	235 aa	Predicted RBP	3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	IES3	Q12345	250 aa		3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	SES1	P07284	462 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	VAS1	P07806	1104 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	PET123	P17558	318 aa		3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	EFT1	P32324	842 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	RRP1	P35178	278 aa	Predicted RBP	3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	MSH3	P25336	1018 aa		3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	MRE11	P32829	692 aa		3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	PRP3	Q03338	469 aa	Predicted RBP	3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	RFC1	P38630	861 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	SUB1	P54000	292 aa	Known RBP	3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	YCG1	Q06680	1035 aa		3.15	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	TFG2	P41896	400 aa	Predicted RBP	3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	NOC2	P39744	710 aa	Known RBP	3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	RRT14	P40470	206 aa		3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	NIP100	P33420	868 aa		3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	CIK1	Q01649	594 aa		3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	YPR097W	Q06839	1073 aa		3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	RBA50	Q04418	439 aa		3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	SNU66	Q12420	587 aa	Predicted RBP	3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	REI1	P38344	393 aa	Predicted RBP	3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	MPC54	Q08550	464 aa		3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	RNR2	P09938	399 aa	Known RBP	3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	OMS1	Q06668	471 aa		3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	SMC2	P38989	1170 aa	Known RBP	3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	TAF2	P23255	1407 aa		3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	VMA4	P22203	233 aa	Known RBP	3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	PIL1	P53252	339 aa	Known RBP	3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	UBP10	P53874	792 aa	Predicted RBP	3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	SMC6	Q12749	1114 aa		3.14	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	KIP3	P53086	805 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	TSR2	Q06672	205 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	YKL050C	P35736	922 aa		3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	URB2	P47108	1174 aa		3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	SNU71	P53207	620 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	NOC3	Q07896	663 aa	Predicted RBP	3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	PUS1	Q12211	544 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	TAF13	P11747	167 aa		3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	UBC6	P33296	250 aa	Predicted RBP	3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	TTI1	P36097	1038 aa		3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	NKP1	Q12493	238 aa		3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	DJP1	P40564	432 aa		3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	SSA1	P10591	642 aa	Known RBP	3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	BLI1	P35727	113 aa		3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	NSE3	Q05541	303 aa		3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	YLH47	Q06493	454 aa		3.13	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	RIM101	P33400	625 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	SLN1	P39928	1220 aa	Predicted RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	RTP1	Q12751	981 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	STM1	P39015	273 aa	Known RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	BUD6	P41697	788 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	GCN20	P43535	752 aa	Known RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	HOS3	Q02959	697 aa	Known RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	MED2	Q12124	431 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	SMC4	Q12267	1418 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	PRP4	P20053	465 aa	Known RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	GCD6	P32501	712 aa	Known RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	PUF6	Q04373	656 aa	Known RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	CEX1	Q12453	761 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	TOM71	P38825	639 aa	Known RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	NDC80	P40460	691 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	FUN30	P31380	1131 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	CDC3	P32457	520 aa	Known RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	ARF3	P40994	183 aa	RIP-Chip data	3.12	□□□□□ -1.91	not detected
TOM1	YDR457W	CLF1	Q12309	687 aa	Predicted RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	GDT1	P38301	280 aa	Predicted RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	MAK16	P10962	306 aa	Predicted RBP	3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	ATG11	Q12527	1178 aa		3.12	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	JIP5	Q06214	492 aa	Predicted RBP	3.11	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	GPN2	Q08726	347 aa	Predicted RBP	3.11	□□□□□ -1.91
TOM1	YDR457W	PRT1	P06103	763 aa	Known RBP	3.11	□□□□□ -1.91

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