RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565354.5

CLN3-217, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 759 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-217ENST00000565354 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa29.54■■■□□ 2.32
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CLN3-217ENST00000565354 MAPKBP1O60336 1514 aa29.47■■■□□ 2.31
CLN3-217ENST00000565354 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP29.46■■■□□ 2.31
CLN3-217ENST00000565354 DIP2BQ9P265 1576 aa29.43■■■□□ 2.3
CLN3-217ENST00000565354 ADCY10Q96PN6 1610 aa29.43■■■□□ 2.3
CLN3-217ENST00000565354 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa29.33■■■□□ 2.29
CLN3-217ENST00000565354 KDM6BO15054 1643 aa29.31■■■□□ 2.28
CLN3-217ENST00000565354 TSPOAP1O95153 1857 aa29.28■■■□□ 2.28
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CLN3-217ENST00000565354 IGF1RP08069 1367 aa29.25■■■□□ 2.27
CLN3-217ENST00000565354 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa29.21■■■□□ 2.27
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CLN3-217ENST00000565354 TNIKQ9UKE5 1360 aa29.05■■■□□ 2.24
CLN3-217ENST00000565354 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa29.03■■■□□ 2.24
CLN3-217ENST00000565354 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP29.03■■■□□ 2.24
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CLN3-217ENST00000565354 ASXL2Q76L83 1435 aa29.01■■■□□ 2.23
CLN3-217ENST00000565354 GLI2P10070 1586 aa29.01■■■□□ 2.23
CLN3-217ENST00000565354 IQGAP2Q13576 1575 aa28.99■■■□□ 2.23
CLN3-217ENST00000565354 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-217ENST00000565354 CHIC1Q5VXU3 224 aa28.92■■■□□ 2.22
CLN3-217ENST00000565354 UACAQ9BZF9 1416 aa28.9■■■□□ 2.22
CLN3-217ENST00000565354 DISP1Q96F81 1524 aa28.88■■■□□ 2.21
CLN3-217ENST00000565354 ADGRL1O94910 1474 aa28.87■■■□□ 2.21
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CLN3-217ENST00000565354 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP28.82■■■□□ 2.2
CLN3-217ENST00000565354 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP28.79■■■□□ 2.2
CLN3-217ENST00000565354 UGGT2Q9NYU1 1516 aa28.79■■■□□ 2.2
CLN3-217ENST00000565354 TEX14Q8IWB6 1497 aa28.78■■■□□ 2.2
CLN3-217ENST00000565354 KIAA0556O60303 1618 aa28.72■■■□□ 2.19
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CLN3-217ENST00000565354 WDR7Q9Y4E6 1490 aa28.66■■■□□ 2.18
CLN3-217ENST00000565354 HECW2Q9P2P5 1572 aa28.64■■■□□ 2.18
CLN3-217ENST00000565354 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP28.63■■■□□ 2.17
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CLN3-217ENST00000565354 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa28.57■■■□□ 2.16
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CLN3-217ENST00000565354 CD109Q6YHK3 1445 aa28.52■■■□□ 2.16
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CLN3-217ENST00000565354 ABCA8O94911 1581 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-217ENST00000565354 KCNH8Q96L42 1107 aa28.46■■■□□ 2.15
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CLN3-217ENST00000565354 ARAP3Q8WWN8 1544 aa28.33■■■□□ 2.13
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CLN3-217ENST00000565354 ATP10BO94823 1461 aa28.25■■■□□ 2.11
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CLN3-217ENST00000565354 PHLDB1Q86UU1 1377 aa28.22■■■□□ 2.11
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CLN3-217ENST00000565354 P3H3Q8IVL6 736 aa28.16■■■□□ 2.1
CLN3-217ENST00000565354 FBXO41Q8TF61 875 aa28.14■■■□□ 2.1
CLN3-217ENST00000565354 NEO1Q92859 1461 aa28.13■■■□□ 2.09
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CLN3-217ENST00000565354 SAMD9Q5K651 1589 aa28.11■■■□□ 2.09
CLN3-217ENST00000565354 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa28.1■■■□□ 2.09
CLN3-217ENST00000565354 BCORL1Q5H9F3 1711 aa28.09■■■□□ 2.09
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CLN3-217ENST00000565354 MADDQ8WXG6 1647 aa28.04■■■□□ 2.08
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CLN3-217ENST00000565354 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP28.01■■■□□ 2.07
CLN3-217ENST00000565354 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP28.01■■■□□ 2.07
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CLN3-217ENST00000565354 RICTORQ6R327 1708 aa27.95■■■□□ 2.06
CLN3-217ENST00000565354 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP27.94■■■□□ 2.06
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CLN3-217ENST00000565354 AKNAQ7Z591 1439 aa27.87■■■□□ 2.05
CLN3-217ENST00000565354 PLEKHD1A6NEE1 506 aa27.86■■■□□ 2.05
CLN3-217ENST00000565354 FANCAO15360 1455 aa27.86■■■□□ 2.05
CLN3-217ENST00000565354 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP27.83■■■□□ 2.05
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CLN3-217ENST00000565354 TTC37Q6PGP7 1564 aa27.79■■■□□ 2.04
CLN3-217ENST00000565354 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa27.78■■■□□ 2.04
CLN3-217ENST00000565354 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa27.77■■■□□ 2.04
CLN3-217ENST00000565354 HSPA2P54652 639 aa27.77■■■□□ 2.04
CLN3-217ENST00000565354 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa27.76■■■□□ 2.03
CLN3-217ENST00000565354 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa27.76■■■□□ 2.03
CLN3-217ENST00000565354 YEATS2Q9ULM3 1422 aa27.75■■■□□ 2.03
CLN3-217ENST00000565354 MAGI2Q86UL8 1455 aa27.74■■■□□ 2.03
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