Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
TREX1Q9NSU2 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TREX1Q9NSU2 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TREX1Q9NSU2 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TREX1Q9NSU2 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms