Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV2

TRIM54, Tripartite motif-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54Q9BYV2 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM54Q9BYV2 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM54Q9BYV2 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM54Q9BYV2 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM54Q9BYV2 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 246 ms