Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LINC00643Q86TS7 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LINC00643Q86TS7 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LINC00643Q86TS7 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LINC00643Q86TS7 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 286.7 ms