Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHD9Q3L8U1 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.55■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.53■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
CHD9Q3L8U1 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHD9Q3L8U1 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHD9Q3L8U1 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms