Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
MSH3P20585 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MSH3P20585 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
MSH3P20585 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSH3P20585 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSH3P20585 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSH3P20585 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSH3P20585 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSH3P20585 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSH3P20585 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH3P20585 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH3P20585 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH3P20585 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH3P20585 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH3P20585 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH3P20585 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSH3P20585 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH3P20585 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH3P20585 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH3P20585 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH3P20585 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSH3P20585 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH3P20585 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH3P20585 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH3P20585 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH3P20585 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH3P20585 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSH3P20585 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
MSH3P20585 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
MSH3P20585 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
MSH3P20585 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
MSH3P20585 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
MSH3P20585 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
MSH3P20585 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
MSH3P20585 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH3P20585 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH3P20585 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH3P20585 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH3P20585 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH3P20585 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH3P20585 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH3P20585 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH3P20585 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH3P20585 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH3P20585 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH3P20585 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH3P20585 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH3P20585 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH3P20585 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH3P20585 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH3P20585 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH3P20585 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH3P20585 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH3P20585 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH3P20585 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH3P20585 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH3P20585 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH3P20585 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH3P20585 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH3P20585 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
MSH3P20585 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
MSH3P20585 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
MSH3P20585 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
MSH3P20585 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSH3P20585 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
MSH3P20585 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSH3P20585 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
MSH3P20585 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
MSH3P20585 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
MSH3P20585 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
MSH3P20585 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
MSH3P20585 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSH3P20585 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSH3P20585 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSH3P20585 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSH3P20585 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSH3P20585 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSH3P20585 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSH3P20585 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSH3P20585 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
MSH3P20585 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
MSH3P20585 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
MSH3P20585 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
MSH3P20585 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
MSH3P20585 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
MSH3P20585 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
MSH3P20585 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
MSH3P20585 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
MSH3P20585 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
MSH3P20585 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
MSH3P20585 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSH3P20585 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSH3P20585 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSH3P20585 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSH3P20585 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSH3P20585 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSH3P20585 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSH3P20585 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSH3P20585 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSH3P20585 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms