Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS29Q9UBQ0 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS29Q9UBQ0 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS29Q9UBQ0 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS29Q9UBQ0 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS29Q9UBQ0 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS29Q9UBQ0 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS29Q9UBQ0 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS29Q9UBQ0 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS29Q9UBQ0 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS29Q9UBQ0 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS29Q9UBQ0 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS29Q9UBQ0 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS29Q9UBQ0 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS29Q9UBQ0 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.6 ms