Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VCX3AQ9NNX9 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VCX3AQ9NNX9 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VCX3AQ9NNX9 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VCX3AQ9NNX9 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms