Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA3Q8IX90 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA3Q8IX90 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA3Q8IX90 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SKA3Q8IX90 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.5 ms