Protein–RNA interactions for Protein: P55317

FOXA1, Hepatocyte nuclear factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXA1P55317 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
FOXA1P55317 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
FOXA1P55317 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
FOXA1P55317 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
FOXA1P55317 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms