Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC19.79■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC19.78■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC19.77■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
HOXD3P31249 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC19.76■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC19.72■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC19.72■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
HOXD3P31249 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC19.69■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXD3P31249 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.2 ms