Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC45.61■■■■■ 4.89
CCDC88BA6NC98 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.61■■■■■ 4.89
CCDC88BA6NC98 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC45.59■■■■■ 4.89
CCDC88BA6NC98 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC45.59■■■■■ 4.89
CCDC88BA6NC98 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC45.58■■■■■ 4.89
CCDC88BA6NC98 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.57■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.56■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC45.56■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.55■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC45.55■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC45.55■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC45.55■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.53■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC45.52■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC45.52■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC45.52■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45.52■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC45.51■■■■■ 4.88
CCDC88BA6NC98 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45.49■■■■■ 4.87
CCDC88BA6NC98 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC45.49■■■■■ 4.87
CCDC88BA6NC98 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC45.49■■■■■ 4.87
CCDC88BA6NC98 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC45.49■■■■■ 4.87
CCDC88BA6NC98 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC45.49■■■■■ 4.87
CCDC88BA6NC98 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC45.47■■■■■ 4.87
CCDC88BA6NC98 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC45.47■■■■■ 4.87
CCDC88BA6NC98 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC45.46■■■■■ 4.87
CCDC88BA6NC98 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC45.45■■■■■ 4.87
CCDC88BA6NC98 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.44■■■■■ 4.87
CCDC88BA6NC98 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45.43■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC45.43■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC45.43■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.42■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC45.42■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.41■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.41■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC45.4■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC45.39■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC45.38■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45.38■■■■■ 4.86
CCDC88BA6NC98 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC45.38■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.37■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC45.36■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC45.36■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC45.36■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.35■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC45.35■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC45.35■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.35■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC45.34■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC45.34■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC45.34■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC45.33■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC45.33■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC45.32■■■■■ 4.85
CCDC88BA6NC98 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC45.32■■■■■ 4.84
CCDC88BA6NC98 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC45.31■■■■■ 4.84
CCDC88BA6NC98 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.31■■■■■ 4.84
CCDC88BA6NC98 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC45.3■■■■■ 4.84
CCDC88BA6NC98 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.3■■■■■ 4.84
CCDC88BA6NC98 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC45.29■■■■■ 4.84
CCDC88BA6NC98 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC45.29■■■■■ 4.84
CCDC88BA6NC98 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.29■■■■■ 4.84
CCDC88BA6NC98 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC45.27■■■■■ 4.84
CCDC88BA6NC98 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC45.25■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC45.25■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC45.24■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC45.24■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.24■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC45.22■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC45.22■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45.22■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.21■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC45.21■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.21■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC45.21■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.2■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.2■■■■■ 4.83
CCDC88BA6NC98 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.19■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.18■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.18■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45.18■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC45.18■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.18■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC45.17■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC45.16■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC45.16■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45.15■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.14■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC45.14■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC45.13■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC45.13■■■■■ 4.82
CCDC88BA6NC98 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC45.12■■■■■ 4.81
CCDC88BA6NC98 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC45.12■■■■■ 4.81
CCDC88BA6NC98 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC45.11■■■■■ 4.81
CCDC88BA6NC98 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC45.11■■■■■ 4.81
CCDC88BA6NC98 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC45.11■■■■■ 4.81
CCDC88BA6NC98 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC45.1■■■■■ 4.81
CCDC88BA6NC98 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC45.1■■■■■ 4.81
CCDC88BA6NC98 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45.09■■■■■ 4.81
CCDC88BA6NC98 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC45.09■■■■■ 4.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.9 ms