Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
DKK3Q9UBP4 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
DKK3Q9UBP4 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
DKK3Q9UBP4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
DKK3Q9UBP4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
DKK3Q9UBP4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
DKK3Q9UBP4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
DKK3Q9UBP4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.97■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
DKK3Q9UBP4 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
DKK3Q9UBP4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.2 ms