Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC31.27■■■□□ 2.6
USP40Q9NVE5 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
USP40Q9NVE5 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC31.26■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC31.26■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC31.21■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.59
USP40Q9NVE5 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC31.17■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
USP40Q9NVE5 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC31.14■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC31.12■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC31.11■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC31.1■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC31.08■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC31.08■■■□□ 2.57
USP40Q9NVE5 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC31.07■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.05■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC31.04■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
USP40Q9NVE5 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC31■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC31■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC31■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC30.98■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC30.97■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
USP40Q9NVE5 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC30.95■■■□□ 2.54
USP40Q9NVE5 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
USP40Q9NVE5 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
USP40Q9NVE5 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.92■■■□□ 2.54
USP40Q9NVE5 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.91■■■□□ 2.54
USP40Q9NVE5 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
USP40Q9NVE5 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
USP40Q9NVE5 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.89■■■□□ 2.54
USP40Q9NVE5 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.54
USP40Q9NVE5 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
USP40Q9NVE5 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms