Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SDC1P18827 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SDC1P18827 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SDC1P18827 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SDC1P18827 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SDC1P18827 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SDC1P18827 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SDC1P18827 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
SDC1P18827 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SDC1P18827 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SDC1P18827 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SDC1P18827 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SDC1P18827 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC1P18827 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC1P18827 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC1P18827 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC1P18827 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC1P18827 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC1P18827 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SDC1P18827 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SDC1P18827 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SDC1P18827 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SDC1P18827 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SDC1P18827 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SDC1P18827 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SDC1P18827 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SDC1P18827 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SDC1P18827 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SDC1P18827 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SDC1P18827 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SDC1P18827 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SDC1P18827 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SDC1P18827 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
SDC1P18827 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SDC1P18827 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC1P18827 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC1P18827 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC1P18827 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC1P18827 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC1P18827 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC1P18827 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SDC1P18827 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SDC1P18827 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SDC1P18827 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SDC1P18827 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SDC1P18827 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SDC1P18827 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SDC1P18827 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC1P18827 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC1P18827 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC1P18827 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC1P18827 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SDC1P18827 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SDC1P18827 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SDC1P18827 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SDC1P18827 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SDC1P18827 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SDC1P18827 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SDC1P18827 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SDC1P18827 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SDC1P18827 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SDC1P18827 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SDC1P18827 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SDC1P18827 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SDC1P18827 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC1P18827 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC1P18827 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC1P18827 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC1P18827 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC1P18827 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC1P18827 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC1P18827 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC1P18827 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC1P18827 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC1P18827 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC1P18827 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC1P18827 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC1P18827 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC1P18827 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC1P18827 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC1P18827 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC1P18827 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC1P18827 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC1P18827 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC1P18827 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC1P18827 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC1P18827 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC1P18827 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SDC1P18827 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC1P18827 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC1P18827 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC1P18827 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC1P18827 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC1P18827 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC1P18827 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC1P18827 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC1P18827 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC1P18827 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC1P18827 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC1P18827 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.4 ms