Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HMGA1P17096 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HMGA1P17096 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HMGA1P17096 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.14■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HMGA1P17096 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
HMGA1P17096 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
HMGA1P17096 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms