Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COPB1P53618 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COPB1P53618 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COPB1P53618 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COPB1P53618 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COPB1P53618 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COPB1P53618 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COPB1P53618 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COPB1P53618 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COPB1P53618 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COPB1P53618 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COPB1P53618 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COPB1P53618 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COPB1P53618 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COPB1P53618 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COPB1P53618 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COPB1P53618 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COPB1P53618 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COPB1P53618 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COPB1P53618 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COPB1P53618 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COPB1P53618 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
COPB1P53618 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COPB1P53618 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COPB1P53618 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COPB1P53618 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COPB1P53618 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COPB1P53618 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COPB1P53618 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COPB1P53618 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COPB1P53618 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COPB1P53618 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COPB1P53618 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COPB1P53618 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COPB1P53618 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COPB1P53618 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COPB1P53618 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COPB1P53618 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64 ms