Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
LIMD1Q9UGP4 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIMD1Q9UGP4 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
LIMD1Q9UGP4 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
LIMD1Q9UGP4 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
LIMD1Q9UGP4 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
LIMD1Q9UGP4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIMD1Q9UGP4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIMD1Q9UGP4 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIMD1Q9UGP4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC27.54■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIMD1Q9UGP4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIMD1Q9UGP4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
LIMD1Q9UGP4 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMD1Q9UGP4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMD1Q9UGP4 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.7 ms