Protein–RNA interactions for Protein: Q9HC56

PCDH9, Protocadherin-9, humanhuman

Predictions only

Length 1,237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH9Q9HC56 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PCDH9Q9HC56 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PCDH9Q9HC56 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PCDH9Q9HC56 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PCDH9Q9HC56 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PCDH9Q9HC56 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PCDH9Q9HC56 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
PCDH9Q9HC56 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.95■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.91
PCDH9Q9HC56 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.9
PCDH9Q9HC56 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCDH9Q9HC56 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
PCDH9Q9HC56 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PCDH9Q9HC56 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
PCDH9Q9HC56 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCDH9Q9HC56 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCDH9Q9HC56 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
PCDH9Q9HC56 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms