Protein–RNA interactions for Protein: Q9BWF2

TRAIP, E3 ubiquitin-protein ligase TRAIP, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAIPQ9BWF2 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRAIPQ9BWF2 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.83■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRAIPQ9BWF2 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
TRAIPQ9BWF2 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRAIPQ9BWF2 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
TRAIPQ9BWF2 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms